Notio speichert alle Daten in einem eigenen Ordner. Dieser wird von Notio im Libraryverzeichnis des Users angelegt. Um die Daten auf einen anderen Rechner zu übertragen, kann einfach der Notio-Ordner kopiert werden.
Notio speichert beim Beenden des Programms alle Daten automatisch. Zusätzlich gibt es noch eine AutoSave-Funktion (Einstellungen).