HoudahGeo unterteilt das Geokodieren in drei aufeinander folgende Schritte:
Das HoudahGeo-Projektfenster kennt entsprechend drei Zustände, einen für jeden Schritt. Benutzen Sie die ersten drei Schaltflächen der Symbolleiste, um zwischen den Schritten zu wechseln. Die Symbolleiste aktualisiert sich dann und zeigt die zum aktuellen Kontext passenden Schaltflächen an.
HoudahGeo arbeitet mit Projektdateien, die für eine spätere Verwendung gespeichert werden können. Eine Projektdatei ist im Wesentlichen eine Liste von Bilddateien. Ein Projekt speichert die Metadaten der Bilder, die es referenziert. Zusätzlich können GPS-Wegaufzeichnungen in ein Projekt geladen werden.