MagicMacX aktualisiert den Hintergrund-Bildpuffer von Mac OS X synchron (gleichzeitig) mit dem Vordergrundpuffer. Der Bildschirminhalt ist daher stets konsistent. Einige Mac-Programme legen sich aber über das Emulator-Fenster, ohne daß dieses das mitbekommt. Das ist ein zugegebener Fehler in Mac OS X, der aber vermutlich nicht so schnell behoben wird. In diesem Fall wird das überlappende Element leider vom Emulator überschrieben (falls dieser im Vordergrund liegt). Das läßt sich leider nicht verhindern. In der Paxis kommt das aber eher selten vor. Störenfriede sind das Dock sowie alle Menüs, die rechts in der Menüleiste liegen, z.B. für die Lautstärke und die Uhr.
